实际付款95元，但是商家开票是100元，这本身就违反了《发票管理办法》及其《发票管理办法细则》的规定。
《发票管理办法》第十九条规定：“所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项，应当向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。”
《发票管理办法细则》第二十九条规定：“《办法》第二十一条所称与实际经营业务情况不符是指具有下列行为之一的：......(二)有购销商品、提供或者接受服务、从事其他经营活动，但开具或取得的发票载明的购买方、销售方、商品名称或经营项目、金额等与实际情况不符。”
根据上述规定，提问所述的发票原则上就属于“不符合规定的发票”，根据《发票管理办法》第二十条规定：“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。”
同时，根据国家税务总局公告2018年28号公告第十二条规定，“不合规发票”，不得作为税前扣除凭证。
因此，对于提问所述的情形，严格按照税法规定来说，首先是不应该报销，而是需要员工去换取符合规定的发票然后再报销，最后就变成了实际是按照折后金额报销。
当然，在税收管理实践中，税务局对金额不大的发票要求也不会特别严格，对于提问所述的情形，如果报销时还附有支付截图等，建议就按照实际付款金额报销，这样会减少税务风险。如果企业报销制度没有要求附上支付截图等，直接按照发票金额报销也是可以的，税务风险也不是太大。
当然，该如何报销最终还是要看企业自己的最终决策。但是，企业一定不要做自相矛盾的事情，给税务稽查或处罚留下非常明显的“线索”。