《增值税法实施条例》第二十五条对于长期资产在购进时专用于不得抵扣项目，后期在使用期间用途发生改变，包括专用于应税项目或混用的情形，进项税额该如何处理没有做出明确规定。

如果用于不得抵扣项目的长期资产用途发生改变，其前期取得的进项税额依然还是全部不得抵扣，有悖于公平原则；反之，如果因为用途发生了改变，原值低于500万元就追溯全额抵扣或大于500万元追溯分期调整的话，也会存在企业非法避税的隐患或计算过程复杂等问题。比如，一台设备购进时专用于免税项目或简易计税项目，全额不得抵扣进项税额，在使用期间改变用途用于应税项目了，其购进时取得的进项税额还能否抵扣，以及如可以抵扣该按照什么金额抵扣，都是需要国务院财税部门予以明确的。

笔者建议国务院财税部门针对这种情形，应该继续执行或在新规范性文件中体现财税（2016）36号附件2第一条第（四）项第2点规定：“不得抵扣且未抵扣进项税额的固定资产、无形资产、不动产，发生用途改变，用于允许抵扣进项税额的应税项目，可在用途改变的次月按照下列公式计算可以抵扣的进项税额：

可以抵扣的进项税额=固定资产、无形资产、不动产净值/(1+适用税率)×适用税率

上述可以抵扣的进项税额应取得合法有效的增值税扣税凭证。”

企业购进的机器设备等（货物）作为固定资产使用，在使用过程中发生非正常损失的，其进项税额不得抵扣；企业修建的仓库，作为固定资产核算，在使用一段时间后因为是违章建筑被拆除的，其进项税额不得抵扣。

《增值税法实施条例》第十九条只规定了不得抵扣进项税额，后续的从第二十条至第二十五条均没有涉及到上述问题，尤其是第二十四条专门规定“非正常损失”等进项税额转出的，还专门说明不含固定资产。即《增值税法实施条例》没有对固定资产、不动产发生“非正常损失”后的进项税额转出做出规定。

那么，固定资产、不动产发生非正常损失后，其已经抵扣的进项税额该如何转出呢？

参考财税（2016）36号附件1第三十一条规定，按照下列公式计算不得抵扣的进项税额：

不得抵扣的进项税额=固定资产、无形资产或者不动产净值×适用税率

另外，财税（2016）36号附件1第三十一条还专门规定：“固定资产、无形资产或者不动产净值，是指纳税人根据财务会计制度计提折旧或摊销后的余额。” 增值税法实施条例暂时没有，但是从法理以及公平原则也应遵守财税（2016）36号附件1第三十一条对“净值”的规定。由于采用一般计税方法纳税人通常是按月申报纳税，故而增值税法实施条例规定“期初净值”，应该是固定资产、不动产发生非正常损失当月的净值。

由于《增值税法实施条例》没有该类情形做出规定，为避免产生税企争议，国务院财税部门应尽早通过规范性文件予以弥补。