是的，分别入账。

购买的土地：作为无形资产 单独入账。可以按照直线法摊销计入管理费用或者制造费用。企业购买工业用地用于厂房建设，土地使用权按50年摊销。

建造的厂房：作为固定资产入账，建设期间通过“在建工程”归集成本，竣工后转入“固定资产”。

需将土地价值并入房产原值计征房产税。

参考：

1、《财政部、国家税务总局关于房产税、城镇土地使用税有关问题的通知》（财税[2008]152号）规定，房屋原价应根据国家有关会计制度规定进行核算。对按会计规定单独核算的土地价值，应并入房产原值计征房产税。

2、《企业所得税法实施条例》第67条：无形资产的摊销年限不得低于10年；投资或受让的无形资产，若约定期限，可按约定年限摊销。