是的允许全部抵扣增值税的。

原因很简单，第三方服务机构收取的这个3万元政府补贴属于与销售服务方的应税销售服务行为相关，根据增值税相关规定，财政补贴收入若与企业销售货物、劳务、服务等的销售额或数量直接相关，则属于增值税应税范围，需要缴纳增值税，当然接受服务方就允许抵扣增值税。

注意：

若补贴与销售服务的销售额或数量无直接关联（例如，补贴是基于第三方机构的固定成本补偿、特定项目的整体奖励等，与具体销售行为无关），则不属于增值税应税范围，无需缴纳增值税。则开具不征税发票就可以。

参考：

《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（国家税务总局公告2019年第45号）的规定，纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。纳税人取得的其他情形的财政补贴收入，不属于增值税应税收入，不征收增值税。